По благословению Его Святейшества, Святейшего Патриарха Московского и все Руси Кирилла Божественную литургию и чин погребения возглавил Преосвященнейший Меркурий, епископ Зарайский, викарий Святейшего Патриарха, в сослужении Преосвященного епископа Нарвского Лазаря. Перед отпеванием Преосвященнейший епископ Меркурий огласил соболезнование Святейшего Патриарха Кирилла. Соболезнование Президента Эстонской Республики Томаса Хендрика Ильвеса зачитал Преосвященнейший епископ Лазарь. Преосвященным владыкам сослужили: наместник Свято-Успенского Псково-Печерского монастыря архимандрит Тихон и более 50 священнослужителей. За богослужением молились: настоятельницы Горненского, Свято-Троицкого Серафимо-Дивеевского, Богородице-Рождественского ставропигиального, Иоанно-Предтеченского ставропигиального, Санкт-Петербургского Воскресенского Новодевичьего, Стерлитамакского Богородице-Табынского, Муромского Свято-Троицкого, Гродненского Рождество-Богородичного, Рижского Свято-Троицкого, Линтульского (Финляндия) монастырей, Пюхтицкого подворья в Москве и многочисленные паломники, которые прибыли в Обитель, чтобы проводить в последний путь дорогую Матушку схиигумению Варвару, несшую 43 года подвижнические труды по восстановлению и окормлению Пюхтицкой обители.

Похоронена схиигумения Варвара на монастырском кладбище у церкви в честь Святителя Николая.