Со­бор был уста­нов­лен ука­зом пат­ри­ар­ха Мос­ков­ско­го и всея Ру­си Алек­сия II от 22 июля 2002 го­да по хо­да­тай­ству ру­ко­вод­ства Эс­тон­ской Пра­во­слав­ной Церк­ви Мос­ков­ско­го Пат­ри­ар­ха­та. Со­глас­но ука­зу бы­ла на­пи­са­на и ико­на «Со­бор Свя­тых зем­ли Эс­тон­ской», ко­то­рая на­хо­дит­ся в Тал­линн­ском Алек­сан­дро-Нев­ском ка­фед­раль­ном со­бо­ре. Бы­ли со­став­ле­ны ли­тур­ги­че­ские тек­сты, в том чис­ле ка­нон, в ко­то­ром упо­ми­на­ют­ся име­на 17 угод­ни­ков Бо­жи­их.

В Со­бор вхо­дят:

• Бл­гв. вел. кн. Алек­сандр Нев­ский, в схи­ме Алек­сей († 1263, па­мять 30 ав­гу­ста, 23 но­яб­ря)
• Сщ­мч. Ис­и­дор Юрьев­ский и с ним 72 по­стра­дав­шие († 1472, па­мять 8 ян­ва­ря)
• Прпп. Иона († ок. 1480, па­мять 29 мар­та) и Вас­са († ок. 1473, па­мять 19 мар­та) Пско­во-Пе­чер­ские
• Прп. Се­ра­пи­он Псков­ский, Спа­со-Еле­аза­ров­ский († 1482, па­мять 15 мая, 7 сен­тяб­ря)
• Прмч. Кор­ни­лий Пско­во-Пе­чер­ский († 1570, па­мять 20 фев­ра­ля)
• Сщ­мч. Ар­се­ний (Ма­це­е­вич), митр. Ро­стов­ский († 1772, па­мять 28 фев­ра­ля)
• Прав. Иоанн Крон­штадт­ский, прот., чу­до­тво­рец († 1908, па­мять 20 де­каб­ря)
• Сщ­мч. Иоанн (Ко­чу­ров) († 1917, па­мять 31 ок­тяб­ря)
• Сщ­мчч. Алек­сандр (Вол­ков) и Ди­мит­рий (Чи­сто­сер­дов) Иван­го­род­ские († 1918, па­мять 26 де­каб­ря)
• Сщ­мч. Сер­гий (Фло­рин­ский), Ра­кве­ре­с­кий († 1918, па­мять 17 де­каб­ря, 19 июня)
• Сщ­мчч. Пла­тон (Куль­буш), еп. Ре­вель­ский, Ми­ха­ил (Блей­ве) и Ни­ко­лай (Бе­жа­ниц­кий), протт., († 1919, па­мять 1 ян­ва­ря)
• Свт. Ага­фан­гел (Пре­об­ра­жен­ский), исп., митр. Яро­слав­ский († 1923, па­мять 3 ок­тяб­ря)
• Сщ­мч. Ни­ко­лай (Сий­мо), пре­сви­тер Крон­штадт­ский († 1931, па­мять 5 ап­ре­ля)
• Сщ­мч. Карп (Эльб) († 1937, па­мять 11 сен­тяб­ря)